《银河战士Prime 3 堕落》的故事发生在《银河战士Prime 2》的6个月之后。银河联邦的中央电脑突然遭受病毒的攻击。银河联邦认为这是宇宙海盗所为，并召集了包括萨姆斯在内的赏金猎人。但是事态进一步升级，原本应该已经死亡的“黑暗萨姆斯”是这一事件的幕后主使，而他开始在星……
